Le traitement préférentiel garanti dans un accord de libre-échange est habituellement octroyé seulement aux produits provenant des pays membres de cet accord. Les règles d’origines sont donc importantes. Il s’agit des critères déterminant le pays d’origine du produit. Ce pays d’origine est normalement celui dans lequel la dernière transformation substantielle du produit a eu lieu.
L’application et la définition des règles d’origine des biens et des services représentent un problème majeur. Il s’agit d’un enjeu controversé dans plusieurs accords. Les syndicats et autres critiques ont mené des campagnes pour mettre en lumière les façons dont les règles d’origine peuvent être utilisées abusivement autant par les entreprises que par les gouvernements. En particulier, les préoccupations portent sur la facilité avec laquelle des biens produits, partiellement ou entièrement, dans un pays tiers peuvent bénéficier d’un accès sans tarifs douaniers en vertu d’un accord bilatéral, en étant réexportés après avoir été transformés juste assez pour répondre aux exigences des règles d’origine. Cela est compliqué davantage par le fait que les accords bilatéraux de libre-échange utilisent différents critères pour déterminer les règles d’origine.